W 2003 roku w Młynie Wadowice został wdrożony system HACCP zgodny z wymaganiami Kodeksu Żywnościowego. W 2006 system ten został zintegrowany z systemem zarządzania jakością zgodnym z wymaganiami normy PN-EN ISO 9001:2000. System zarządzania jakością obejmuje wszystkie obszary działalności przedsiębiorstwa. Zakresem systemu objęto produkcję i sprzedaż przetworów zbożowych. Koncentrując się na wymaganiach rynku, Młyn Wadowice w 2011 r. dostosowały swój system zarządzania jakością i zarządzania bezpieczeństwem żywności do wymagań normy PN-EN ISO 22000:2005.

Kontrola jakości odbywa się w nowocześnie wyposażonym laboratorium. Jakość mąki oceniana jest tam za pomocą próbnych wypieków oraz poprzez ich ocenę sensoryczną. Technolog sprawdza wartość wypiekową zwracając uwagę na objętość, wygląd zewnętrzny, strukturę miękiszu oraz zapach i smak wypieku. Laboratorium wraz z piekarnią pozwalają na określenie wyróżników fizyko-chemicznych i wartości wypiekowej mąki. Dzięki temu produkty firmy charakteryzują się niezmiennie wysoką jakością. Badania prowadzone są przez doświadczonych specjalistów, systematycznie podnoszących swoje kwalifikacje.

Kontrola jakości obejmuje nie tylko produkty końcowe, ale także surowce dostarczane przez rolników indywidualnych oraz duże gospodarstwa współpracujące z naszą firmą.